Xuất trùng hóa đơn điện tử gây nhiều phiền toái cho doanh nghiệp, nhất là khi hóa đơn trùng đã gửi cho người mua hoặc đã kê khai thuế. Bài viết sẽ giới thiệu những điều cần biết về việc xuất trùng hóa đơn điện tử và hướng dẫn cách xử lý hóa đơn bị xuất trùng.
Xuất trùng hóa đơn điện tử là gì?
Xuất trùng hóa đơn điện tử là trường hợp một giao dịch bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ thực tế chỉ phát sinh một lần, nhưng người bán lại lập từ hai hóa đơn điện tử độc lập trở lên cho cùng giao dịch đó. Khi đó, hóa đơn được lập thêm khiến doanh thu, tiền thuế hoặc giá trị giao dịch bị ghi nhận lặp lại và phải được xử lý như hóa đơn đã lập sai.
Tình trạng này thường phát sinh khi người dùng bấm phát hành nhiều lần, không kiểm tra trạng thái hóa đơn sau khi hệ thống hoặc đường truyền bị gián đoạn, hoặc lập thêm hóa đơn mới trong khi hóa đơn trước đó thực tế đã được ghi nhận.
Nguyên tắc xử lý khi xuất trùng hóa đơn
Cơ chế hủy hóa đơn đã lập sai đã bị bãi bỏ từ ngày 01/06/2025 theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Từ ngày 01/7/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC thay thế toàn bộ khung pháp lý cũ về hóa đơn (Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC). Việc xử lý hóa đơn đã lập sai, trong đó có hóa đơn lập trùng, thực hiện theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC với hai hình thức: lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập hóa đơn thay thế.
Các nguyên tắc cần nắm:
- Phạm vi áp dụng: hóa đơn có mã đã được cơ quan thuế cấp mã và hóa đơn không có mã đã gửi dữ liệu đến cơ quan thuế (khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC).
- Không gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT: mẫu này chỉ dùng khi hóa đơn sai tên, địa chỉ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa (điểm a khoản 1 Điều 10). Hóa đơn lập trùng làm ghi nhận thừa số tiền và tiền thuế nên thuộc trường hợp điều chỉnh hoặc thay thế tại điểm b.
- Ghi đúng dấu giá trị: điều chỉnh giảm ghi số âm, điều chỉnh tăng ghi số dương, đúng với thực tế điều chỉnh (điểm c khoản 6 Điều 10).
- Giữ đúng hình thức đã chọn: nếu đã xử lý bằng điều chỉnh hoặc thay thế mà sau đó lại phát hiện sai, các lần xử lý tiếp theo thực hiện theo hình thức đã áp dụng lần đầu (điểm a khoản 6 Điều 10).
- Hóa đơn lập trước 01/7/2026: nếu phát hiện trùng sau ngày này thì cũng xử lý theo quy định mới (khoản 2 Điều 24 Thông tư 91/2026/TT-BTC).
Hướng dẫn cách hủy hóa đơn khi xuất trùng hóa đơn điện tử
Khi phát hiện cùng một giao dịch bị lập trùng hóa đơn, doanh nghiệp xử lý theo 4 bước sau:
Bước 1: Xác định hóa đơn đúng và hóa đơn lập thừa
Đối chiếu giao dịch thực tế với toàn bộ hóa đơn đã phát hành. Nếu chỉ có một giao dịch nhưng có hai hóa đơn cùng ghi nhận doanh thu, người bán cần xác định:
- Hóa đơn chuẩn (giữ lại): Hóa đơn đã giao cho khách và đúng thực tế giao dịch.
- Hóa đơn bị trùng (cần xử lý): Hóa đơn lập thừa/lặp lại. Bạn ghi lại chính xác: Mẫu số, ký hiệu, số hóa đơn, ngày lập và số tiền/tiền thuế của hóa đơn này.
Bước 2: Lập văn bản thỏa thuận
Trước khi lập văn bản thỏa thuận, xác định đối tượng người mua để chuẩn bị thủ tục:
- Người mua là tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh: hai bên lập văn bản thỏa thuận ghi rõ hóa đơn bị lập trùng trước khi lập hóa đơn điều chỉnh.
- Người mua là cá nhân: người bán thông báo cho người mua hoặc thông báo trên website của người bán (nếu có)
Người bán lưu giữ văn bản thỏa thuận và xuất trình khi cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu
Bước 3: Lập hóa đơn xử lý hóa đơn xuất trùng
Cách 1: Lập Hóa đơn Điều chỉnh
- Lập hóa đơn điều chỉnh bằng cách ghi số tiền âm (giảm về 0) toàn bộ giá trị tiền hàng và tiền thuế của hóa đơn trùng đó.
- Kiểm tra câu ghi chú bắt buộc trên hóa đơn: “Điều chỉnh giảm cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”
Cách 2: Lập Hóa đơn Thay thế
- Lập hóa đơn mới thay thế cho hóa đơn trùng (chỉnh số tiền/thuế về 0).
- Kiểm tra câu ghi chú bắt buộc: “Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”
Bước 4: Ký số, gửi hóa đơn điều chỉnh và lưu hồ sơ
Sau khi lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, người bán thực hiện ký số
- Hóa đơn có mã của cơ quan thuế: ký số và gửi cơ quan thuế để được cấp mã, sau đó gửi cho người mua.
- Hóa đơn không có mã của cơ quan thuế: ký số và gửi trực tiếp cho người mua.
Doanh nghiệp có thể tra cứu trên https://hoadondientu.gdt.gov.vn để kiểm tra hóa đơn điều chỉnh đã được ghi nhận. Đồng thời lưu hóa đơn gốc, hóa đơn bị trùng, hóa đơn điều chỉnh, văn bản thỏa thuận hoặc thông báo và chứng từ liên quan để phục vụ đối chiếu.
Cách xử lý hủy hóa đơn điện tử xuất trùng đã kê khai thuế
Nếu hóa đơn xuất trùng đã được đưa vào hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp cần xử lý đồng thời hai phần: hóa đơn lập thừa và hồ sơ khai thuế đã bị ảnh hưởng. Trước hết, người bán xử lý hóa đơn lập trùng bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo quy định hiện hành; sau đó xác định số doanh thu, thuế đầu ra hoặc thuế đầu vào đã bị kê khai trùng để thực hiện khai bổ sung khi thuộc trường hợp phải khai bổ sung.
Từ ngày 01/07/2026, Thông tư 91/2026/TT-BTC không còn quy định riêng rằng mọi hóa đơn điều chỉnh, thay thế do sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa đều phải khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn gốc. Vì vậy, không nên áp dụng máy móc một kỳ kê khai cho tất cả trường hợp hóa đơn xuất trùng.
Kế toán cần đối chiếu hồ sơ khai thuế đã nộp và xác định sai sót có làm thay đổi số thuế phải nộp, số thuế được khấu trừ, miễn, giảm hoặc hoàn hay không để xử lý hồ sơ khai bổ sung theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn. Nếu việc kê khai trùng làm tăng nghĩa vụ thuế hoặc làm sai số thuế được khấu trừ/hoàn, số liệu phải được điều chỉnh về đúng nghiệp vụ thực tế; trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp có thể phát sinh tiền chậm nộp theo quy định.
Nếu hóa đơn lập trùng chưa được kê khai thuế, doanh nghiệp vẫn cần xử lý hóa đơn lập thừa trước khi kê khai để tránh ghi nhận trùng doanh thu, thuế đầu ra hoặc thuế đầu vào.
Xem thêm: Hướng dẫn cách lưu trữ hóa đơn điện tử đầu vào đúng quy định
Quản lý và xử lý hóa đơn điện tử với VNPT Invoice
Xuất trùng hóa đơn thường bắt đầu từ thao tác phát hành lặp lại hoặc việc chưa kiểm tra đầy đủ trạng thái hóa đơn. Do đó, bên cạnh việc nắm đúng quy định, doanh nghiệp nên quản lý hóa đơn tập trung, tra cứu lịch sử phát hành và kiểm tra hóa đơn trước khi thực hiện nghiệp vụ xử lý sai sót.
VNPT Invoice là giải pháp hóa đơn điện tử của VNPT được cung cấp trên nền tảng oneSME, hỗ trợ doanh nghiệp tạo lập, phát hành, tra cứu, quản lý và lưu trữ hóa đơn. Trên hệ thống VNPT Invoice, người dùng có thể truy cập nhóm chức năng xử lý hóa đơn, tìm hóa đơn cần xử lý và thực hiện nghiệp vụ lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo trường hợp áp dụng.
Xem thêm:
